Jede Apotheke muss über ein Qualitätsmanagementsystem, das an Art und Umfang der pharmazeutischen Tätigkeiten anzupassen ist, verfügen. Mit diesem System werden die betrieblichen Abläufe festgelegt und dokumentiert. Das Qualitätsmanagementsystem gewährleistet insbesondere, dass die Arzneimittel nach Stand von Forschung und Technik hergestellt, geprüft und gelagert werden, dass Verwechslungen vermieden werden sowie eine ausreichende Beratungsleistung erfolgt. Zur Qualitätssicherung gehören regelmäßige Inspektionen durch pharmazeutisches Personal und externe Stellen.